钟南山同志长期从事呼吸疾病的临床、教学和科研工作，是近十多年来我国呼吸疾病临床与基础研究水平走向国际前列的学术带头人。通过创制的“简易气道反应性测定法”及流行病学调查，首次证实并完善“隐藏型哮喘”的概念，被WHO所采纳；对我国慢性咳嗽病因谱进行了系统的分析，阐明了胃食道反流性咳嗽的气道神经炎症机制。创制“运动膈肌功能测定法”，首次证实即使早中期COPD病人也有60%存在蛋白—能量营养不良，制定了补充其基础耗能的校正公式。组织了我国的COPD流调，首次明确了国人的COPD患病率。

       在2003年我国SARS疫情中，确立了广东的病原学，组织了广东省SARS防治研究，创建了“合理使用皮质激素，合理使用无创通气，合理治疗并发症”的方法治疗危重SARS患者，获国际上最低的死亡率（3.8%），且合并症发生最少。2007年，领衔申报创建成功国内首家呼吸疾病国家重点实验室，为我国呼吸系统疾病的基础与临床防治工作建设了一个高水平的创新平台。

       多年来先后主持国家863、“十五”科技攻关、国家自然科学基金重点项目、WHO GOLD委员会全球协作课题等重大课题十余项，荣获国家科技进步二等奖、三等奖，广东省科技进步特等奖等奖项。

       钟南山同志注重教书育人，在长期的医学教育实践中逐步形成了自己独特的教育思想，他坚持“学做人与学本领”相统一，将学生融入全程德育培养；他注重培养学生的“五性”，即学习上的自主性、工作上的创造性、对病人的责任性、对集体的合群性和对社会的适应性。已培养品学兼优的博士后、博士、硕士研究生几十人。在全党开展的保持共产党员先进性教育活动中，钟南山同志积极参与，以实际行动诠释“先进性是共产党员的本色”和“业务尖子不一定是共产党员，但优秀的共产党员必须是本行业的业务尖子”的内涵，继续为着自己的人生理想不停追求。他积极参政议政，履行一名党员的义务。在认真调研的基础上，对社会关注的“看病难、看病贵”提出了系统的解决思路，并在近年“两会”期间积极建言献策。如针对“一药多名”现象，建议改进药品监管环节，重视药品的生产流通定价问题；针对医改中政府职能缺失的问题，建议加大投入，恢复公立医院的公益性，加强社区医疗的建设。这些政策建议受到了重视，一定程度促进了医疗卫生工作的改进和发展。

       近年来先后荣获“全国五一劳动奖章”、“全国白求恩奖章”、“南粤杰出教师”、“全国道德模范（敬业奉献）”等荣誉称号。